Sidonia no Kishi: Ai Tsumugu Hoshi

پس از نابودی زمین توسط موجودات فضایی مرموزی به نام گونا، بقایای بازمانده از نژاد بشر با کشتی عظیم نسلی سیدونیا به فضا گریختند.

سیدونیا که هزاران سال در فضا سرگردان بود، برای اولین بار در یک قرن، بار دیگر خود را تحت حمله گونا یافت.

سیدونیا که بار دیگر با تهدید انقراض روبرو بود، به لطف تسوموگی شیراوی، هیبرید انسان-گونا و ناگات تانیکازه، خلبان مکانیک برجسته گاردین، به پیروزی موقت در برابر گونا دست یافت.

مردم سیدونیا از یک آرامش کوتاه لذت می‌برند.

10 سال بعد...

روزهای صلح‌آمیزی می‌گذرد که در طی آن تسوموگی کم‌کم احساسات خود را نسبت به ناگات، که اکنون به عنوان قهرمان سیدونیا شناخته می‌شود، درک می‌کند.